Celem tworzenia sieci Natura 2000 jest utrzymanie różnorodności biologicznej w obrębie państw członkowskich UE poprzez zabezpieczanie zagrożonych i reprezentowanych dla wyróżnionych regionów biogeograficznych typów siedlisk przyrodniczych oraz zagrożonych i rzadkich gatunków roślin i zwierząt. W skład sieci wchodzą: Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (OSO) wyznaczone zgodnie z zaleceniami Dyrektywy Ptasiej i Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk (SOO), wyznaczone zgodnie z zaleceniami Dyrektywy Siedliskowej.

Kompleks lasów Puszczy Niepołomickiej wraz z przyległymi terenami łąkowymi z uwagi na swoje wybitne znacznie dla ochrony 4 gatunków ptaków z załącznika 1 Dyrektywy Ptasiej, tj.: muchołówki białoszyjej (Ficedula albicollis), dzięcioła średniego (Dendrocopos medius), puszczyka uralskiego (Strix uralensis) oraz dzięcioła czarnego (Dryocopus martius), Rozporządzeniem Ministra Ochrony Środowiska z dnia 21 lipca 2004 roku, został włączony do europejskiej sieci ekologicznej Natura 2000 jako Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków „Puszcza Niepołomicka" nr PLB120002.

Dodatkowo, OSO „Puszcza Niepołomicka" jest jednym z niewielu niżowych lęgowisk włochatki (Aegolius funereus), mającym również istotne znaczenie dla dwóch regularnie występujących gatunków ptaków migrujących – kobuza (Falco subbuteo) i gołębia siniaka (Columba oenas). W sumie na terenie Puszczy występuje 16 gat. ptaków z 1 załącznika Dyrektywy Ptasiej (w tym bocian czarny i trzmielojad), 4 gat. z Polskiej Czerwonej Księgi (kania czarna, włochatka, orlik krzykliwy, puszczyk uralski) i wiele innych gatunków chronionych.

W zasięgu Nadleśnictwa zlokalizowane są 3 Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk (SOO) wyznaczone zgodnie z zaleceniami Dyrektywy Siedliskowej:

1. Koło Grobli (PLH120008) o powierzchni 597,85 ha – głównym przedmiotem ochrony są: grąd środkowoeuropejski, lasy łęgowe i nadrzeczne zarośla wierzbowe oraz starorzecza i inne naturalne eutroficzne zbiorniki wodne.
2. Lipówka (PLH120010) o powierzchni 25,73 ha – obiektem ochrony są: grąd środkowoeuropejski, las łęgowy i nadrzeczne zarośla.
3. Torfowisko Wielkie Błoto (PLH120080) o powierzchni 108,68 ha – chronione są: torfowiska niskie występujące na częściowo rolniczo użytkowanej polanie Wielkie błoto oraz zwarte populacje modraszka teleiusa, modraszka nausithousa i czerwończyka nieparka (wymienione w II Załączniku Dyrektywy Siedliskowej).

Więcej informacji o programie NATURA 2000 na stronie GDOŚ