Drzewostany Puszczy Niepołomickiej ukształtowały się w wyniku długiej i czasami (z obecnego punktu widzenia) niezbyt właściwej gospodarki człowieka. Resztki starej Puszczy przetrwały gdzieniegdzie w postaci niewielkich ostoi leśnych lub też okazałych wiekowych drzew. Już w okresie międzywojennym XX w. na terenie Puszczy próbowano objąć ochroną rezerwatową najcenniejsze zachowane fragmenty leśne. Jednak dopiero po II Wojnie Światowej nadano ochronę prawną niektórym starym drzewostanom.

Dębina - 12,66 ha

Powołany 24.12.1957 r. Położony w południowo-wschodniej części głównego kompleksu Puszczy Niepołomickiej.

Najcenniejszą wartością rezerwatu jest drzewostan – starodrzew dębowy z udziałem lipy i sosny w wieku 120 – 210 lat, tworzący górne piętro. Drugie piętro tworzy lipa, grab, i dąb w wieku 30 – 60 lat.

Ze względu na unikalny charakter drzewostanu – rezerwat ma duże znaczenie w skali kraju dla ochrony pozostałości niżowych puszcz leśnych.
Celem ochrony jest zachowanie naturalnego ekosystemu lasu grądowego ze starodrzewem dębowym będącym pozostałością dawnej Puszczy Niepołomickiej

Gibiel - 28,89 ha

Powołany 21.10.1961 r. podlega ochronie częściowej. Położony w północnej części głównego kompleksu Puszczy Niepołomickiej w uroczysku Gibiel. Tworzą go wydzielenia w oddziałach 15g, 31c,d, i, oraz 51c.

Zbiorowiska leśne rezerwatu mają na ogół charakter naturalny.
Do szczególnie cennych należy wariant grądu wilgotnego z dużym udziałem wiązu w drzewostanie, który jest pozostałością po dawnych łęgach.

Długosz Królewski - 24,14 ha

Powołany 26.04.1963 r.podlega ochronie częściowej. Powołany został w celu zachowania i ochrony stanowiska rzadkiego gatunku paproci  - Osmunda regalis L. (najdalej na południe wysuniętego stanowiska tego gatunku w Polsce).

Położony jest w części południowej głównego kompleksu Puszczy i zajmuje cały oddział 267, Leśnictwa Kłaj.

Lipówka - 25,73 ha

Powołany 24.12.1957 r. podlega ochronie ścisłej. Zaliczany do grupy najcenniejszych rezerwatów leśnych w kraju. Położony w środkowej części uroczyska Grobla w Leśnictwie Ispina w oddziale 460.

Główną jego wartością jest typowy ekosystem grądu z unikalnym, naturalnym starodrzewiem o cechach puszczańskich. W pasie kotlin podkarpackich to najlepiej zachowany fragment grądu niskiego.
W drzewostanie występują drzewostany z przewagą dębu oraz domieszką graba i lipy, a miejscami także olszy.

Koło - 3,49 ha

Powołany 21.04.1962 r. podlega ochronie częściowej. Zajmuje niewielką powierzchnię w oddziale 499g Leśnictwa Ispina, w uroczysku Koło. Główną wartością rezerwatu jest dobrze zachowany naturalny starodrzew grądowy z dominacją lipy.

Wiślisko - Kobyle - 6,70 ha

Powołany 10.12.1970 r, położony w północnej części uroczyska grobla w Leśnictwie Ispina w wydzieleniach 426i, 427d,g,k, 428a,c,d,f.

Przedmiotem ochrony jest starorzecze Wisły o kształcie meandru rzecznego o średnicy około 500 m. Długość chronionego starorzecza wynosi około 1200 m, a szerokość od 30 do 60 m.

Starorzecze jest bogatym zbiorowiskiem gatunków roślin związanych z siedliskami wodnymi i bagiennymi oraz miejscem gniazdowania wielu chronionych ptaków.