Czasy Królewskie

Puszcza stanowiła pierwotnie część wielkich borów Puszczy Sandomierskiej,rozciągającej się od Karpat po Wyżynę Małopolską. Do naszych czasów przetrwała jako duży kompleks leśny, leżący w widłach rzek Wisły i Raby, zwany w XIII wieku „Lasem Kłaj", a od XV wieku „Puszczą Niepołomicką". Pomimo silnego osadnictwa na tych terenach oraz ogromnego zapotrzebowania na drewno (generowanego przez Kopalnię Soli w Wieliczce, Kopalnię Soli w Bochni, klasztor w Staniątkach, lokalnych rzemieślników oraz ludność) przetrwanie tak dużego zwartego kompleksu leśnego było możliwe tylko dzięki specyficznym warunkom wodnym oraz działaniom ochronnym podjętym przez królów, którzy uczynili zeń dobra stołowe, zaopatrujące dwór w drewno, dziczyznę, miód i inne płody lasu. O niedostępności leśnych ostępów świadczą pisma królewskie oraz nazwy przysiółków, które przetrwały do dnia dzisiejszego, np.: Sitowiec, Wielkie Błoto, Grobla, Jazy.

Rozbiory

Znaczące zmiany w gospodarce leśnej zaczęły się w końcu XVIII wieku, kiedy to obszar dzisiejszej Puszczy przeszedł w zarząd austriacki (C.K. Dóbr Kameralnych). Gospodarkę leśną prowadzono w sposób chaotyczny, a drewno pozyskiwano przez wyrąbywanie poszczególnych drzew lub ich grup według przydatności. Dopiero w XIX w. rozpoczęto kartowanie i inwentaryzowanie drzewostanów.

Wiek XX

Pierwsza połowa XX wieku to dla Puszczy przede wszystkim okres zniszczeń i dewastacji wojennych, w czasie których stała się ona także niemym świadkiem wielu zbrodni dokonanych na ludności polskiej i żydowskiej. W okresie powojennym silny rozwój przemysłu ciężkiego, zwłaszcza w okolicach Krakowa, doprowadził do dalszego osłabienia odporności drzewostanów poprzez zanieczyszczenia pyłem zawieszonym oraz opadami związków azotu. W obecnych granicach lasami Puszczy Niepołomickiej zarządza Nadleśnictwo Niepołomice powołane w 1972 roku (z połączenia dwóch mniejszych nadleśnictw: Niepołomice i Damienice), wchodzące w skład Regionalnej Dyrekcji Lasów Państwowych w Krakowie i gospodarujące na powierzchni 10 924 ha. Granice zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa stanowią: od północy – rzeka Wisła, od wschodu i południowego wschodu – rzeka Raba, od zachodu – grunty miast Niepołomice, Wieliczka i Kraków.